Πολλοί επιστήμονες υπέθεταν εδώ και καιρό ότι η Αμαζονία καλυπτόταν κατά το μεγαλύτερο μέρος της ιστορίας της από μια ρηχή θάλασσα και ότι η σημερινή βιοποικιλότητα του τροπικού δάσους της εξελίχθηκε σχετικά πρόσφατα.
Ωστόσο, νέες έρευνες υποδηλώνουν ότι το τροπικό δάσος ήδη ευημερούσε όταν σχηματίστηκε ο Αμαζόνιος πριν από περίπου 16 εκατομμύρια χρόνια.
Η εξέλιξη του σύγχρονου δάσους φαίνεται τώρα ότι επηρεάστηκε σε μεγάλο βαθμό από την παρατεταμένη και δραματική περίοδο γένεσης του ίδιου του ποταμού, ο οποίος άρχισε να διατρέχει την ήπειρο αδιάκοπα μόλις 10 εκατομμύρια χρόνια πριν.
